Segregation har negativa konsekvenser på både samhällsnivå och individnivå. Alla påverkas av ett samhälle som präglas av segregation, eftersom ett sådant samhälle riskerar att inte hålla samman. De negativa konsekvenserna är dock ofta större för dem som bor i områden med socioekonomiska utmaningar än för dem som bor i andra områden. 

Ur ett samhällsekonomiskt perspektiv kan segregationen bidra till att människors potential inte tas tillvara på exempelvis arbetsmarknaden, vilket i sin tur leder till uteblivna skatteintäkter. Andra konsekvenser är individers känsla av brist på tillit, gemenskap och trygghet i området man bor i.

Forskning visar att de som bor i områden med socioekonomiska utmaningar har sämre livschanser sett till skolresultat, utbildningsnivå, hälsa och levnadsvanor och möjligheter på arbetsmarknaden.